Po zakończeniu drugiej części filmu „Madagaskar” Alex, Gloria, Melman i Marty postanawiają zostać w Afryce. Natomiast paczka pingwinów wraca śmigłowcem do Nowego Jorku. Tam, próbują przejąć władzę w zoo. Niespodziewanie okazuje się, że wraz z nimi przyleciał pasażer na gapę – król Julian – oraz jego pomocnicy. W tym niezwykle dowcipnym serialu biorą udział również inne zwierzęta z Central Parku, które nieoczekiwanie komplikują pingwinom ich nową misję...